Des del 2002, la direcció de Mercabarna cedeix a aquesta entitat un magatzem dins del recinte de la Unitat Alimentària, que serveix com a centre de recollida i com a plataforma de distribució de fruites i hortalisses i peix que no són comercialitzables al Mercat, però sí aptes per al consum.
El Banc reparteix aquests aliments entre nombroses entitats benèfiques que ajuden els més necessitats. En un sol dia, unes 20.000 persones es beneficien dels productes frescos que ofereixen les empreses de Mercabarna.
Al maig de 2009, Mercabarna i la Fundació Banc dels Aliments, amb la col·laboració de l’AGEM, van iniciar una campanya per animar les empreses de Mercabarna a incrementar les seves aportacions d’aliments frescos excedentaris al Banc dels Aliments, per ajudar els més necessitats.
Si bé abans de la campanya el Banc dels Aliments recollia uns 10.000 kg de fruites i hortalisses setmanals entre les empreses del Mercat Central, un cop duta a terme la campanya se'n recullen gairebé el doble.
Ja són més de 150 les empreses de Mercabarna que col·laboren solidàriament amb el Banc, aportant part de la seva oferta excedentària de productes frescos. Entre tots, recullen cada mes unes 90 tones.